En los últimos años, Fe y Alegría 47 ha buscado un vínculo permanente con instituciones y productores de la región con la finalidad de adaptar la formación técnica del Colegio Agropecuario el Milagro – CAEM sus requerimientos de calificación profesional a través de reuniones multisectoriales y mesas de concertación. Se ha ido elaborando un perfil que rebalsaba la misión de un colegio de secundaria a variante técnica, por significar competencias de nivel superior. Además implicaba una capacitación agropecuaria polivalente y el dominio del manejo forestal, aprovechando la biodiversidad amazónica y respetando el medio ambiente.
Por otra parte el plan estratégico de la carretera Iquitos – Nauta revisado en el 2001, proyecta una visión de un desarrollo sostenible, cuyos requerimientos son Técnicos Profesionales Agropecuarios y Guía Oficial de Turismo.
Es por ello que en Septiembre del 2002, Fe y Alegría 47, presenta a la Dirección Regional de Educación de Loreto (DREL) el Proyecto de Creación del “Instituto Superior Tecnológico Publico El Milagro” a solicitud de padres y madres de familia, alumnos y alumnas egresados o por egresar de los colegios de nivel secundario de la carretera Iquitos – Nauta.
El 15 de Septiembre del 2003 con Resolución Ministerial N° 0900-2003-ED, se crea el Instituto Superior Tecnológico Público “El Milagro”, que en su Articulo N° 2 autoriza a desarrollar la Carrera Profesional de Agropecuaria y Guía Oficial de Turismo.
Con fecha 05 de Octubre de 2003 se desarrolló el primer examen de admisión para cubrir 30 vacantes del I Semestre Académico del 2003, de la misma forma, con fecha 14 de Marzo del 2004 se desarrolló el segundo examen de admisión para cubrir las vacantes del II semestre del 2004. En el 2005 con fecha 27 de marzo se desarrollo el tercer examen de admisión para cubrir las 30 vacantes propuestas y el 26 de marzo de 2006 se desarrollo el cuarto examen de admisión para cubrir 40 vacantes .
A la fecha, 126 estudiantes, hombres y mujeres, vienen desarrollando habilidades teóricas y prácticas en los proyectos en proceso de implementación en función del itinerario formativo.
